Khu di tích Quốc gia Danh lam thắng cảnh Đảo Cò có diện tích gần 32 ha. Sự kết hợp hài hòa giữ hồ An Dương rộng khoảng 20 ha cùng các đảo là nơi cò vạc sinh sống, tạo lên nét độc đáo của khu danh thắng hiếm có này. Tuy nhiên do hồ An Dương nằm trên đường tiêu úng cho nhiều diện tích sản xuất nông nghiệp của xã Chi Lăng Nam và các xã lân cận. Sau khi người dân phun thuốc bảo vệ thực vật hoặc bón phân, nếu gặp thời tiết mưa lớn, tồn dư thuốc bảo vệ thực vật, phân đạm hóa học theo dòng chảy về hồ, tiềm ẩn nguy cơ ô nhiễm nguồn nước, ảnh hưởng đến các sinh vật sống trong nước hồ và trong quần thể Đảo Cò. 

Được biết, tại Đảo Cò hiện có hơn 50 loài cò, vạc với hơn 20 nghìn cá thể sinh sống. Nếu nguồn nước hồ An Dương bị ô nhiễm chắc chắn sẽ ảnh hưởng đến đàn cò vạc tại đây. Trước nguy cơ ô nhiễm nguồn nước do sản xuất nông nghiệp, rất cần sự quan tâm của cơ quan chức năng đánh giá thực trạng chất lượng nguồn nước hồ An Dương để có giải pháp bảo vệ.  

Để phát huy giá trị của khu di tích Quốc gia danh lam thắng Đảo cò Chi Lăng Nam, cùng với việc bảo tồn và phát triển đàn cò, đàn vạc, rất càn sự quan tâm bảo vệ môi trường nguồn nước tại đây.