Khi diệt chuột phải thực hiện đồng loạt giữa các địa phương và áp dụng đồng bộ các biện pháp. Trong đó, cần đẩy mạnh diệt chuột bằng các biện pháp thủ công truyền thống như: đặt bẫy cạm, hun khói, đổ nước, phát quang quang bụi rậm kết hợp săn bắt chuột. Riêng đợt 1 và 4 các địa phương nhất thiết phải đồng loạt tổ chức diệt chuột bằng thuốc hóa học trên toàn bộ diện tích cây lúa, cây rau màu, cây ăn quả, bờ vùng, bờ thửa, gò đống,..và những nơi chuột thường xuyên trú ngụ, sinh sản.

Việc diệt chuột phải đảm bảo an toàn tuyệt đối cho con người và vật nuôi khi áp dụng các biện pháp diệt chuột. Diệt chuột bằng thuốc hóa học chỉ áp dụng ở thời điểm đổ ải và mới gieo cấy. Các thời điểm khác trong năm cần áp dụng các biện pháp đặt bẫy cạm, hun khói, vớt bèo trên các kênh mương, phát quang bụi rậm kết hợp săn bắt chuột để tăng hiệu quả diệt chuột, giảm ô nhiễm môi trường. Nghiêm cấm dùng điện để diệt chuột dưới mọi hình thức.