Những năm trước đây nhiều bến bãi hoạt động chưa được cấp phép không chỉ gây khó khăn cho công tác quản lý, mà còn tiếp tay cho tình trạng khai thác cát sỏi lòng sông trái phép. Giải quyết vấn đề này, huyện Tứ Kỳ đã và đang kiên quyết xử lý những bến bãi không có giấy phép và yêu cầu các chủ bến bãi làm các thủ tục cấp phép hoạt động theo quy định.

Đến nay trên toàn địa bàn huyện Tứ Kỳ có 7 trên 13 bến bãi đã được cấp phép hoạt động theo Luật Đê điều, đạt tỷ lệ hơn 50%. Đây cũng là địa phương có số lượng bến bãi được cấp phép theo quy định nhiều nhất tỉnh. Trong 6 bến bãi còn lại có 1 bến bãi nằm trong vị trí đề xuất quy hoạch, nhưng chưa được cấp phép do chưa đủ các thủ tục liên quan. Các bến bãi khác diện tích nhỏ dưới 500 mét vuông ở địa bàn các xã An Thanh, Quang Trung và Chí Minh. Hạt Quản lý đê huyện Tứ Kỳ đang tích cực phối hợp với chính quyền địa phương xóa bỏ bến bãi nhỏ lẻ, yêu cầu giải tỏa vật liệu ngoài bãi sông và sẽ xử lý nghiêm những trường hợp không chấp hành.